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C'est une époque où toutes les consciences ont été convertis en photons et électrons dans un unique complexe

Seuls les individus indépendants du système n'ont pas été convertis

La série se déroule en 2030 dans une ville fictive du Japon "Niihama-shi" Ville du Nouveau Port). Elle raconte l'histoire d'une brigade d'intervention spéciale appelée Section 9 de la Sécurité Publique, ou plus simplement la "Section 9" . GitS : SAC met en scène les exploits des agents de la Section 9, qui sont issus de l'armée (Batô) ou de la police (Togusa), et la façon dont les événements les affectent alors qu'ils tentent de résoudre chaque cas, ce qui finira par les conduire au personnage mystérieux appelé The Laughing Man (Le Rieur) par les médias.

La Section 9 de la Sécurité Publique est une unité d'élite de sécurité intérieure chargée de prévenir les actes criminels et terroristes liés à la technologie. Ses principales missions sont les enquêtes sur les cyber-crimes importants (infiltration, prise de contrôle de cyber-cerveaux ; cyber-terrorisme), sur les scandales qui touchent des membres du gouvernement et aussi sur des cas de meurtres commis par des personnalités. De temps à autre, la Section 9 assure également la protection de dignitaires étrangers.

Les personnages de la série sont les mêmes que ceux du manga, cependant l'histoire en est différente (si l'on se réfère à la scène finale de la deuxième saison qui ressemble fortement à la scène d'ouverture du manga, on peut en déduire que l'histoire de la série animée se déroule avant le manga). Dans la série, le Major Motoko Kusanagi , n'a pas encore rencontré la forme de vie intelligente née du réseau appelée Marionnettiste , ou Projet 2501. Cette rencontre est décrite dans le premier film Ghost in the Shell réalisé par Mamoru Oshii.

La série est émaillée de nombreuses références littéraires, Des Fleurs pour Algernon et surtout L'Attrape-Cœurs de J. D. Salinger. Le fait que l'affaire du Rieur est composé de nombreux imitateurs est une référence à la théorie mémétique (un des épisodes de la saison 1 s'intitule d'ailleurs en anglais mème).

Appleseed est une série de manga crée par Masamune Shirow entre 1985 et 1989.
La Troisième Guerre mondiale (2099-2126) a ravagée une partie de la Terre, bien que l'arme nucléaire n'ait pas été employée. Les nations se reforment, tandis que des groupe épars d'humains survivent dans des villes en ruine.

L'histoire commence en 2127. Dunan Nuts et Briareos « Bri » Hecatonchires (devenu cyborg après un grave accident sur le front Nord Africain) sont deux ex-commandos de L.A. (Los Angeles) S.W.A.T qui ont décidés de s'installer dans une ville dévastée.

Des années auparavant, en l'an 2080, des scientifiques de la planète entière fondaient une cité artificielle dans l'océan Atlantique répondant au nom d'Olympus. Cette cité utopique était destinée à accueillir le fruit de leurs recherches : des humains génétiquement modifiés appelés Bioroïdes dont la première génération naît en 2083; c'est le projet Appleseed qui vise à promouvoir la paix dans le monde. Très rapidement, Olympus prospère sur tous les plans et entâme des actions de grande envergure pour fédérer les nations du globe, afin de mettre fin aux divers conflits. Dunan et Bri sont repérés par les services d'Olympus (dont ils ignorent tout) et sont amenés à la ville, où ils essaient de s'insérer socialement comme les autres rescapés de la guerre. Ils entrent dans la police, et sont promus dans la prestigieuse ES.W.A.T., une branche spéciale du S.W.A.T sous le contrôle directe d'Olympus et utilisant des véhicules du type unités mécanisées ou mecha (les Landmates) pour faire face notamment au terrorisme.

Mais tout ne va pas pas pour le mieux dans le meilleur des mondes. Certains humains se sentent oppressés par cette société hautement surveillée et veulent « libérer » leurs congénères par des actes de terrorisme. Par ailleurs, l'ordinateur gérant la cité (Gaïa), interrogé sur une manière de résoudre les tensions humains / bioroïdes, décide que ces derniers sont une « erreur dans l'équation » et prend les commandes des plateformes de combat chargées de protéger Olympuis contre toutes menaces.

Appleseed, le « pépin de pomme » (modifié génétiquement lui aussi, car il est sphérique), est à la fois le symbole de l'espoir, de la renaissance, mais aussi le grain de sable dans l'engrenage infernal.

Ces cinq paragraphes résument en bonne partie l'histoire contenue dans les volumes un et deux, et la description de l'univers si particulier d'"Appleseed" contenu dans le volume cinq.